1988年7月，東京由於某種新型炸彈爆炸而毀滅，之後，兩週內就發生了第三次世界大戰。
2019年，建築於東京灣中央的「新東京」，也進入了新的全盛期；但在這繁華的背後，隱藏的卻是藥物、暴力橫新的頹廢世界。職業訓練學校的學生金田、鐵雄等人，與敵對之飛車黨的抗爭越來越激烈……。
反政府游擊隊的間諜，從軍方的研究室中帶出了第26號實驗體，卻在突破追捕時失敗，遭到射殺。就在那一瞬間，26號的驚叫使得附近一帶建築物的窗戶全部都被震碎，在一陣慌亂中，26號的身影在龍與惠的眼前，化作透明而消失。
26號忽然在舊市區快速飆車的鐵雄眼前出現，令鐵雄受了重傷。鐵雄和26號一起被上校率領的軍隊帶回研究室，而成為博士的新實驗室。
金田則在警方的審訊中，趁機將惠救出。
新東京飛車黨的少年「鐵雄」，由於和實驗體26號發生撞擊受了重傷，而被送到軍方管理的研究所中；在研究所的檢查中發現，由鐵雄身上收集到的特殊精神模式樣本，與《阿基拉》頗有相似之處。
國家的最高機密「阿基拉」究竟是什麼？而被當作研究阿基拉之實驗品的鐵雄又將如何呢？！請萬勿錯過精彩的第二集！