2019年，在混雜著繁華與頹廢的新東京，飛車黨的領隊金田，為了找尋被軍隊帶走的同伴鐵雄，因此與都市游擊隊的惠等人一起潛入研究室而被捕。
在被當作實驗體的鐵雄體內，強大的超能力甦醒了，他離開研究室，而前往阿基拉沈眠的所在地──奧運會建設工地──。所謂阿基拉（明），其實就是31年前成為第三次世界大戰導火線的第28號實驗體，擁有空前的超能力。
指揮軍隊的上校發動武裝政變，繼續追捕鐵雄，而鐵雄也逐一突破各防線，終於把收容阿基拉的冷凍艙扯出地面並加以擊破。但阿基拉在受了從前徹底的調查、實驗之後，如今已成了一小片一小片的標本了。
實驗體25號的節子他們操縱惠的潛在能力攻擊鐵雄，卻被打敗；而趕來對付鐵雄的金田卻和鐵雄一起被罩在衛星SOL發出的雷射中……。
鐵雄破壞了上校的最後王牌SOL，終於坐上了位於奧運會場的御座，而其能量也愈來愈逼近阿基拉的意識境界。可是，諷刺的是，在這「力量」達到最高潮的同時，「危機」竟自鐵雄自己的體內蔓生！
人，以及超越人類的力量，宇宙的壞滅及誕生……。集各方矚目，聚焦於現代主題上的故事終於臻至壯烈的「悲劇昇華」而在本集中完集。