潘元石1936年出生於臺南安定庄，自幼舉家遷居臺南市區，深受府城文化滋養。1953年考入省立臺南師範學校藝術師範科就讀，亦曾前往張常華的畫室學習。他在畢業後擔任臺南啟聰學校美術教師，1969年因其特殊教育方面的成就，獲得十大傑出青年獎。潘元石為特殊教育獻身二十五年，更將教育的心血結晶，彙編成多本著作，如：《跟小朋友談繪畫和版畫》、《聽覺障礙兒童美術教育》等。
潘元石在退休之後應信誼基金會之聘，擔任「學前教育資料館」臺南館館長，又開啟學齡前兒童教育的工作。1980年代的臺南，經濟快速地變遷，古屋拆建、文物毀棄，為此他熱心保存被棄置的文物，在館內成立「安平文物陳列室」，開啟私人文物陳列室先河。之後他出任臺南市文化基金會執行長，並獲選為南美會會長。1987年，受許文龍聘為奇美文化基金會執行長，籌建奇美博物館。
潘元石任職臺南啟聰學校期間，為了尋找新的教材而將創作領域逐漸轉移到版畫，並結識了臺灣藏書票的開拓者西川滿，進入藏書票的領域。2000年他創辦「臺灣藏書票協會」，兩年後更促成協會加入「國際藏書票聯盟」。2016年潘元石榮獲第5屆「臺南文化獎」，他在晚年以水彩的點染，記錄臺南的古蹟，風格淡雅、散發著清柔的憂思。
潘元石長期關注人文景觀，建築物外觀的描繪，懷有時光荏苒引發的感傷，還有因人產生的再生力量。透過藝術的表現，他促使民眾關懷古蹟消失的背後所涉及的文明存續課題。潘元石作為一位創作者，將藝術理念擴大到教育、美術團體、國際交流、博物館行政等方面，成為臺灣藝壇中極具社會意識的典範人物。