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第四章 分析：海陸分工
陸委會與海基會的從屬關係，在一開始即有法源依據。據臺灣地區與大陸地區人民關係條例第4條等相關條文、民法第32條及陸委會組織條例第3條規定，陸委會對海基會的業務有指示、監督的權責。陸委會也與海基會簽訂委託契約，處理兩岸談判、文書查證等涉及公權力事項，雖隨著兩岸關係變化有所增訂，但基本上都有明確規定。因此，在探討陸委會與海基會互動關係時，更多的是實際執行面的問題。如李登輝時期的陸委會與海基會，雖有相關條文訂出規範，但在執行時，如何詮釋雙方定位與關係，則又出現不同看法。
在制度沒有太大改變的情況下，陸委會與海基會的互動在各個時期，仍有不同變化，本章節試就李登輝、陳水扁、馬英九三位總統執政時的海陸互動，做檢視與比較。
李登輝執政時期，陸委會與海基會相繼成立，兩岸開始就事務性議題開啟協商談判，但應對當時中共對兩岸政治談判的期待，陸委會對談判顯得小心，加上國內與在野黨的監督，相較海基會在前線的積極思維，雙方因職務認知不同、授權體會不同、對兩岸關係的期待不同、溝通不良等差異產生機關間的衝突。本文列舉7項指標中，李登輝執政時期共有國內政治情勢、兩岸關係、大陸政策、兩岸談判方式等4項指標，可窺知陸委會與海基會當時的互動關係。
綜觀幾項指標，李登輝時期的陸委會與海基會互動受到兩岸關係及大陸政策的影響甚深，而國內政治情勢又相當程度地影響當時政府的大陸政策，加上兩岸剛開始接觸談判，經驗尤其不足，當時的陸委會與海基會關係也是衝突最多的時期，在短短3年內，海基會共經歷4位秘書長，與陸委會主委黃昆輝，都有或輕或重的台面上爭執。
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