他是能彈琴又能製琴的全能古琴家，屬於國寶級民族藝師，對古琴音樂藝術發展的影響深遠。
孫毓芹在一九八五年和一九八九年，分別獲頒薪傳獎和當選國寶級民族藝師。薪傳獎是政府對文化藝術工作者在精神上的一種肯定與鼓勵，國寶民族藝師則是中華民國的第一屆民族藝師，是屬於國寶級人物。
音樂發乎心，止於音，是將我們內心的情感和內心狀態，無可隱藏表露出來的媒藉，誠如【禮記‧樂記】所述「凡音之起，由人心生」，所以「心」的狀態是最重要的，而古琴音樂講求的是雅正之音，因此心正而音正，心不正則音不正。古琴的藝術修養和靈性、德性修養的提升，是彼此互導的影響。古人以古琴修心養性，孫毓芹堅守古訓（凡學琴有三：嘴上有鬚、腹中有墨、心中有德），認為學琴者最重要的是要有好的品德，才能學好琴。其琴音泠泠然如撫人心肺，極得按令入木，取音中和雅正之道。
此外，孫毓芹將幾近絕傳的製琴工藝留承下來。為了研究造琴，孫毓芹花了很大的心血，對於古書上所述的造琴法，他都要仔細分析、並且試驗和改進，有時為了造琴的特殊需求，他還會自己發明一些工具來因應。無師自通由不會到會，從不斷的試驗中累積經驗，由粗手變成好手，成了能彈琴又能製琴的全能琴家，間接地也促及了古琴音樂藝術發展的影響。