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書摘 2
第一章 三種黑猩猩
下一回你逛動物園，請記得到各種猿類的籠子前走走。請想像那些猿身上的毛都脫落了，再想像它們附近另有一個籠子，其中關了幾個咱們弟兄，他們很不幸，給剝光了衣服，也說不出話來，可是外表倒沒什麼大礙。現在請猜猜看，那些猿在遺傳上與人究竟有多大的差別？猿與人的基因組中，有多少基因是共有的呢？佔基因組的百分之幾？10%？50%？還是 99%？
然後再問自己：為什麼那些猿給關在籠裡讓人參觀？為什麼還有些猿給用來作醫學實驗？可是對人，就不容許那樣的待遇。假定學術界有一天發現了：猿的基因組中，有 99.9% 的基因，與人類的完全相同，那微小的 0.1%，決定了人與猿之間的重大差異。那麼你還會同意把猿關在籠子裡供人參觀，或者拉去做醫學實驗嗎？再想想我們那些心智失常的不幸同胞，他們解決問題的能力很低、甚至無法照顧自己、無法溝通與發展社會關係、對疼痛的感覺也比不上猿。可是我們無法拉他們去做醫學實驗；猿就可以。其中的邏輯是什麼？
也許你的回答是：猿是「動物」嘛，而人是人，這還有什麼好討論的。這是一條倫理準則，只有人類適用，不可引申到「動物」身上，不管那是一種什麼樣的動物，管它與我們在遺傳上多相像，管它發展社會關係的能力多高強，管它會不會感受痛苦。那個答案當然是武斷的，可是至少它內部有一貫的邏輯，因此不可隨便否定。不過這麼一來，追溯我們的自然根源，便沒有什麼倫理意涵。可是這樣的探討，仍能滿足我們追求知識的好奇心，畢竟「我們從哪裡來？」這個問題是這麼產生的。每個人類社群都對自己的起源有深切的好奇心，每個人類社群都有自己的創世故事。「三種黑猩猩」的故事，是我們這個時代的創世故事。
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我們在動物界的地位，大體而言，學者早已確定，不知有多少世紀了。我們無疑是哺乳類，哺乳類的特徵包括身體有毛髮覆蓋、哺乳等。在哺乳類中，我們屬於靈長類，靈長類包括猴與猿等大類。我們與靈長類其他的成員，有許多共同的特徵，例如指（趾）甲扁平而沒有形成爪、有抓握能力的前肢、大拇指可以與其他手指對立、吊兒郎當的陰莖（而不是貼近腹部），這些特徵大部分其他哺乳類都沒有。早在公元第 2 世紀，集西方古代醫學大成的蓋倫（Galen, AD129-200，約與華佗同時）從動物解剖經驗中，已經正確地推定了人在動物界的地位，他發現猴子「無論在內臟、肌肉、動脈、靜脈、神經，還是在骨骼形態上，都與人非常相似」。
在靈長類中，我們也很容易找到人類的地位，我們很明顯地與猿比較相似，與猴的差異比較大。我只要指出一個最明顯的特徵就夠了：猴子有尾巴，猿沒有，我們也一樣。猿這群靈長類中，長臂猿是最特殊的，它們體型小、手臂長，又叫小猿；其他的猿，如紅毛猩猩、大猩猩、黑猩猩、及巴諾布猿都是大猿，它們彼此有很近的親緣關係，與長臂猿比較疏遠。但是想要進一步釐清我們與猿的關係，卻非常困難，這也是始料未及的。這個問題還在科學界引發了熱烈的辯論，論戰環繞著三個議題：
一、族譜：人類、現生猿類、與化石「猿人」（類似猿的人；指人類的祖先）之間的親緣關係，是怎麼樣的？舉例來說，要是我問你：「現生猿中，哪一種與人的關係最密切？」你怎麼回答？
二、不論哪一種現生猿與人類的關係最密切，人與哪一種猿的最後一個共祖，在多久以前仍然活在地球上？（換言之，那時世上既沒有人，也沒有那種猿。）
三、我們與關係最近的猿，有多大的遺傳差異？
起先，我們很自然地假定：比較解剖學早已解答了上面第一個問題。我們與大猩猩、黑猩猩
特別相像，可是又與它們有明顯的差別，例如我們的腦容量比較大、我們以直立的姿態行進、我們的體毛極少，其他還有許多差異，不過不是那麼一目了然。然而，要是我們觀察得仔細一點，這些解剖學事實並不能一勞永逸地解答我們的問題。同樣的解剖特徵，學者賦予不同的意義，而不同的學者，強調的解剖特徵也可能不同。於是有的學者認為我們與亞洲猿（紅毛猩猩）的關係最近，而大猩猩、黑猩猩是猿類中早就歧出的苗裔（少數派）；有的學者認為我們與非洲猿（大猩猩、黑猩猩、及巴諾布猿）比較親近，紅毛猩猩是猿類族譜上最早歧出的猿（主流派）。
在主流派中，大部分生物學家過去認為大猩猩與黑猩猩相似程度較高，也就是說，它們與人類都比較不相似。換言之，大猩猩與黑猩猩還沒來得及分化開來，我們就已經與它們分道揚鑣了。這個結論反映了常識觀點：大猩猩與黑猩猩可以歸為一類，它們叫做猿，而我們則是人。不過，另外還有一種可能，那就是：我們看來與其他的猿不一樣，是因為我們走上了一條獨特的演化道路，我們的祖先自從與其他的猿分化之後，就在幾個重要的方面發生了變化，例如行進的體態與大腦的尺寸，它們都非常顯著。而大猩猩與黑猩猩卻沒有發生過什麼重大變化，與當年的人—猿共祖，模樣沒什麼大差別。如果那是實情，人類可能與大猩猩最親近，或與黑猩猩最接近，或者三者親近的程度一樣，彼此的遺傳距離一樣。
到如今，解剖學家仍在辯論第一個問題：我們族譜上的細節。不過，不管解剖學家鍾意的人類演化族譜長什麼模樣，光憑解剖學研究，無法解答第二、第三個問題，也就是人和猿的分化時間與遺傳距離。不過，也許化石紀錄在原則上可能解決族譜與分化時間的問題（遺傳距離免談）。要是我們有豐富的化石，舉例來說，要是我們可以用一系列已斷定了年代的化石，代表人類演化的各個階段；另外還有黑猩猩的，也有大猩猩的。那麼，也許我們會發現人與黑猩猩的化石系列，在 1,000 萬年前交會了，也就是找到人與黑猩猩的共祖了。而那一位共祖的演化系列，在 1,200 萬年前又與大猩猩的演化系列交會。可惜我們沒有那麼多的化石，我們的化石紀錄像是斷爛朝報。尤其是現生猿類祖先的化石，極為稀少。500 萬年前到 1,400 萬年前之間，是人類與非洲大猿演化的關鍵期，那個時段的猿類化石，尤其稀奇。
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這些關於我們起源的問題，解決的方法來自一個始料未及的方向：運用分子生物學解決鳥類的分類問題。大約 40 年前，分子生物學家開始明白：動植物體內的化學分子可以當作「時鐘」，用來測量遺傳距離，以及兩個物種在演化史上的分化時間。其中的邏輯是這樣的。假定有一類分子，所有生物體內都有，它們在每一個物種中都有特定構造，而那些構造是由遺傳密碼決定的。再假定分子的構造會因為遺傳突變而逐漸變化，而在所有物種中，變化率都一樣。源自同一共祖的兩個物種，體內的那個分子，起先構造應該完全一樣，因為都是從共祖那裡遺傳來的。但是這兩個物種分別演化以後，基因組中的遺傳突變，就各自獨立累積，使那個分子的結構，逐漸變化。因此，這兩個物種的那個分子，會逐漸出現結構差異。要是我們能夠算出平均每 100 萬年會發生多少結構變化，任何兩個有親緣關係的物種，在分子結構上的差異，就可以當作一個「時鐘」，來計算這兩個物種已經和共祖分化多久了。
舉例來說，假定根據化石證據我們推斷獅與虎（都是貓科）在五百萬年前分化。再假定它們的同一種分子，結構上有 1% 的差異。要是我們任選兩個演化關係並不清楚的物種，發現它們的分子結構有 3% 的差異。那麼分子時鐘就會告訴我們，它們在 1,500 萬年前就分化了。
以這個方法紙上談兵，看來漂亮得很，能不能通過實例的考驗呢？生物學家可費心忙了好一陣。應用分子時鐘之前，得先完成 4 件事：科學家必須找到最適合的分子；找到測量分子結構變化的方法，得簡單而迅速；證明分子時鐘運行穩定（也就是，分子結構在相關物種體內以同一速率演化）；測量分子演化率。
分子生物學家在 1970 年左右解決了前兩個問題。他們發現最適合的分子是去氧核醣核酸（DNA），華生與柯立克 1953 年證明這個分子的構造是雙螺旋，為遺傳學研究開闢了新天地，也使 DNA 成為家喻戶曉的分子。每個 DNA 分子包含兩條互補的長鍊，每條鍊都由 4 種更小的分子單位組成，這 4 種分子在鍊上的順序，蘊涵著從父母親傳遞下來的所有遺傳資訊。科學家發展了「DNA 雜交」技術，可以迅速測量 DNA 的變化。先將兩個不同物種的 DNA 分子分離（「融解」）開來，就是使每個 DNA 分子的兩條長鍊解開，分別獨立。再讓那些單鍊 DNA「雜交」，成為雙鍊的 DNA。然後加熱，使「雜種」DNA 再度分離開來。一般而言，需要的溫度越高，就表示這兩種 DNA 的結合程度越好，也就是彼此的差異越小。兩個物種親緣關係越近，DNA 的差異越小。以「融解」一個物種的 DNA 的溫度為基準，融解「雜種」DNA 所需的溫度，比基準度每低 1 度，表示兩個物種的 DNA 有大約 1% 的差異。
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